El Ministerio de Economía y Competitividad español otorga los certificados "Severo Ochoa" y "María de Maeztu" a los centros y unidades de investigación de excelencia, respectivamente, en cualquier campo de la ciencia. Se trata de la máxima distinción en el ámbito nacional para las entidades que promueven la excelencia en investigación. Estos certificados de excelencia se conceden por medio de un concurso anual a un número reducido de entidades durante unos años limitados, y una vez transcurrido este periodo las entidades deben volver a someterse a un proceso de selección competitivo para renovarlos.
La mayor parte de la investigación científica portuguesa se lleva a cabo en las Unidades de I + D y laboratorios Asociados, que financia y evalúa la FCT. Existen actualmente 307 Unidades de I + D acreditadas donde trabajan cerca de 22.000 investigadores.
La investigación realizada en estas instituciones abarca todos los ámbitos científicos, desde las ciencias de la vida y de la salud a las ciencias sociales y humanas, pasando por las ingenierías, las ciencias exactas, las ciencias naturales y el medio ambiente. Las instituciones son evaluadas regularmente por la FCT.
